Discrète entrée pour cette belle église de couvent. Les Carmes déchaussés s’installent ici le 20 juillet 1613. L’architecte reste inconnu, même si les plans dénotent une influence italienne certaine. La première pierre est pose par la reine-régente Marie de Medici. Consacrée le 21 décembre 1625, elle fut la première église placée sous l’invocation de saint Joseph. Elle eut des donateurs prestigieux : la reine Anne d’Autriche, le chancelier Séguier qui offrira le maitre-autel, le cardinal Barberini, nonce apostolique et futur pape Urbain VIII. 
La chapelle sainte Anne garde les plus anciennes peintures de l’église, avant 1634. Le dôme, le premier à Paris, est orné de peintures du Liégeois Walthère Damery. Curieusement, le chœur des moines se trouve derrière le maitre-autel, caché des fidèles.
Mais c’est aussi dans ce cadre conventuel que se perpètre l’un de « Massacres de septembre » qui ensanglantent Paris du 2 au 7 septembre 1792. 
Nous tenterons de comprendre le déroulement de cette tuerie qui fit environ 1400 morts en divers lieux de Paris et de France, avec des victimes inconnues ou connues comme la princesse de Lamballe, tuée à La Force.
Les bâtiments conventuels abritent aujourd’hui l’Institut catholique de Paris, « la Catho ». Fondé en 1875 sous le nom d'Université catholique de Paris par Maurice d'Hulst, son sceau est inspiré de celui de l'ancienne université de Paris, représentant la Vierge Marie, saint Denis et sainte Catherine. L'ICP revendique en effet l'héritage et les traditions notamment de la faculté de théologie de l'ancienne Sorbonne. Il s'installe d'abord dans l'ancien couvent des Carmes, mais les locaux apparaissent vieillis et mal adaptés. 
Un nouveau projet est élaboré par Gabriel Ruprich-Robert, mais faute d'argent il est décidé de réduire l'emprise de l'établissement et de réaménager, plutôt que de détruire, certains des anciens bâtiments, entre 1894 et 1933. Suite de la loi de séparation des églises et de l'État, la propriété des locaux passe à l'État et n'est rachetée par l'Institut qu'en 1927. Le style anglo-normand prédomine.
